แต่ละเกมมีโครงสร้างที่คล้ายคลึงกันซึ่งผู้เล่นจะข้ามผ่านด่านต่าง ๆ ที่มีธีมของตัวเองเพื่อเผชิญหน้ากับหุ่นยนต์บอส, รับอาวุธและความสามารถใหม่ จากนั้นกำจัด ดร. ไวลี ในการเผชิญหน้าครั้งสุดท้าย โดยสำหรับหกภาคแรก มีคุณสมบัติพิเศษหนึ่งคือ "นาวิโหมด" ที่เปิดตัวครั้งแรกในเพลย์สเตชัน (ร็อคแมนคัมพลีตเวิกส์) ซึ่งเป็นการวางจำหน่ายเกมร็อคแมนหกภาคแรกอีกครั้ง โดยโหมดนาวิเพิ่มตัวช่วยที่ให้คำแนะนำเกมหากผู้เล่นต้องการความช่วยเหลือ, แก้ไขรูปลักษณ์ของเกจพลังชีวิตและเกจพลังงานของอาวุธ ตลอดจนแก้ไขหน้าจอย่อยของอาวุธสำหรับสามภาคแรก นอกเหนือจากแปดเกมเหล่านี้แล้ว ฉบับแอนนิเวอร์ซารีคอลเลกชันยังมีเกมต่อสู้แบบอาร์เคดที่ปลดล็อกได้สองเกม (ได้แก่ร็อคแมน เดอะพาวเวอร์แบทเทิล และร็อคแมน 2 เดอะพาวเวอร์ไฟท์เตอร์) ซึ่งออกวางจำหน่ายนอกประเทศญี่ปุ่นอย่างจำกัด โดยสองภาคนี้มีความคล้ายคลึงกันในรูปแบบการเล่น แต่มีความคล่องตัวมากกว่าเล็กน้อย และการต่อสู้ได้ตัดตรงไปยังบอส ซึ่งยากขึ้นเรื่อย ๆ เมื่อแต่ละตัวถูกกำจัด

ความแตกต่างจากเกมดั้งเดิมมีอยู่ในบางกรณี ซึ่งเกมแฟมิคอมหลายเกมมีการรีมิกซ์เสียง โดยในร็อคแมน 6 ดนตรีที่เรียบเรียงนั้นไม่เหมาะสมและทนทุกข์ทรมานจากจุดการบรรยายที่ยาวนาน ส่วนในร็อคแมน 7 ยกตัวอย่างของคำว่า "แม่งเอ๊ย" ได้ถูกเปลี่ยนเป็น "บ้าเอ๊ย" เพื่อรักษาเรต E นอกจากนี้ กราฟิกของร็อคแมนที่เดินจากประสาทของไวลีก็หายไปจากลำดับเครดิต เนื่องจากผู้พัฒนาไม่สามารถพอร์ตเอฟเฟกต์กราฟิกซูเปอร์แฟมิคอมบางอย่างได้ และร็อคแมน 8 ในภาครวมนั้น คลิปเสียงของโรบอตมาสเตอร์บางตัวเล่นในระดับเสียงที่ไม่ถูกต้อง ทั้งนี้ ได้มีการใช้ร็อคแมน 8 เวอร์ชันเพลย์สเตชัน ซึ่งต่างจากเวอร์ชันเซกา แซตเทิร์น ที่รวมถึงฟีเจอร์โบนัสและการต่อสู้ของบอสเพิ่มเติม

องค์ประกอบที่ปลดล็อกได้อื่น ๆ ในฉบับแอนนิเวอร์ซารีคอลเลกชันประกอบด้วยงานศิลปะต้นฉบับ, ดนตรีรีมิกซ์ และวิดีโอโบนัส โดยเวอร์ชันเพลย์สเตชัน 2 นำเสนอตอนทดลองเมกาแมนซีรีส์โทรทัศน์ของบริษัทรูบี-สเปียส์ ในขณะที่เวอร์ชันเกมคิวบ์และเอกซ์บอกซ์มีตอนเมกาแมนในซีรีส์ไอคอนส์ของช่องจีโฟร์ ส่วนเวอร์ชันเอกซ์บอกซ์ยังมีตอนแรกของเมกาแมน เอ็นที วอร์ริเออร์ (อิงจากซีรีส์เกมร็อคแมนเอ็กเซ่) และความสามารถในการเปลี่ยนรูปแบบการควบคุม ทั้งนี้ เวอร์ชันเพลย์สเตชัน 2 และเอกซ์บอกซ์ มีดนตรีที่ได้รับการปรับแต่งใหม่สำหรับเกมหกภาคแรก ซึ่งเดิมมีอยู่ในเวอร์ชันคัมพลีตเวิกส์เช่นกัน